si que se puede hacerle un .cue a un .mp3, es más, hay un plugin para winamp que lee los .cue y los desplega como si fueran canciones sueltas y está genial. Esto es un ejemplo:
PERFORMER "VA"
TITLE "MOS The Annual Spring 2006"
FILE "Ministry Of Sound The Annual Spring 2006 - cd1.mp3" MP3
TRACK 01 AUDIO
TITLE "World, Hold On (Club Mix)"
PERFORMER "Bob Sinclar feat. Steve Edwards"
INDEX 01 00:00:00
TRACK 02 AUDIO
TITLE "Incredible (Radio Edit)"
PERFORMER "The Shapeshifters"
INDEX 01 02:16:20
Lo podría hacer "a mano", pero joer! tiene que haber algún programita donde pueda ir escuchando el mp3 e indicando las marcas de cambio de tema para que luego genere el mp3 y que no sea un coñazo de usar.