Una solución facil es importar tus videos en Flash e incluir botones del tamaño que quieras apuntando a una escena A o una escena B. Los botones tienen la propriedad Alpha que te permite hacerlos transparentes. Y listo, tienes tu video con zonas cliqueables.
Quicktime también puede tener zonas clickables como Myst o The X-Files, el videojuego. Eran juegos basados en quicktime.
Keynote (el Powerpoint de Mac) te permite exportar presentaciones en formato .mov con zonas 'sensibles' y la habilidad de hacer que el video se pare o siga reproduciendose automaticamente.
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