@M4SM0R3Eso lo decides tu, basado en tus necesidades, si tienes una o mas paginas en el mismo espacio, etc
Si solo vas a tener una web, podes meter el index.htm directamente en el directorio raiz de tu espacio, y luego directorios para cada cosa, yo que se, tipo "img" para las imagenes
Si vas a tener mas de una web, lo mejor es tener dierctorios para cada una, y dentro el index.htm de cada una
Ya te aconsejo usar nombres lo mas cortos posibles, asi no se alarga la direccion al pedo, y te es mas facil trabajar tambien
EDITO: Mira te hice un ejemplo rapido, de una web simple, con un directorio de imagenes, y el link de las consolas, esta dentro de otro directorio, asi te das una idea
http://www.akihabara-online.com/Material/Mayo2016/web.zip** Avisame si lo descargastes, asi lo borro