Para abrir los links desde thunderbird con el navegador que prefieras, haz esto:
Menú editar>preferencias>avanzadas, editor de configuración
En esta ventana, boton derecho, nuevo, cadena:
Nombre de la preferencia: "network.protocol-handler.app.http" sin las comillas
Aceptar, y en el siguiente diálogo pones "/usr/bin/firefox" sin las comillas, o la ruta donde esté el navegador que uses.
Si usas firefox también te puedo decir como abrir los enlaces mailto: de las webs con thunderbird, pero tengo que buscarlo.