Como te han dicho, estás bien. No hay problema cuando el PCIe de la placa es superior al de la tarjeta, como en tu caso, ya que la velocidad de transmisión de datos será la maxima de la tarjeta. .
Es peor cuando la tarjeta es superior al PCIe de la placa (que no es tu caso), ya que la velocidad de transferencia será la maxima de la placa y, por tanto, no se aprovechará el máximo potencial de la tarjeta...