Te voy a ayudar porque se nota que has estado leyendo y más o menos tienes todo claro.
Lo primero que tienes que hacer es seleccionar un Flash, yo te recomiendo la Supercard o el M3. En ambos casos el procedimiento es parecido. La diferencia entre estos dos es que la Supercard es más barata pero tiene menos compatibilidad que el M3 (aunque Romman que es el creador del Supercard se lo curra y saca updates). También si te interesa el tema de GBA te recomiendo el M3 porque la Supercard tiene serios problemas con esto.
Lo segundo es comprarte el flash con el PassMe correspondiente, el de la Supercard se llama Superpass y el del M3 se llama PassKey.
Una vez tengas esto ya puedes rular lo que quieras... Necesitarás la última versión del firmware de tu flash (atencion, firmware de tu flash, no de tu consola). En el caso de la SC es muy fácil de instalar, en el M3 no tengo ni idea porque no lo tengo, pero supongo que será parecido. Metes un fichero en la SD, lo arrancas desde el Menú y listo.
Aparte de eso, tendrás un programa que te bajes de la web del fabricante del flash para parchear las roms. Es decir, en este programa debes meter los juegos y el te creará una copia parcheada correctamente para que te rule en tu flash. Luego metes estos juegos parcheados en el flash y listo.
Por último, si te incomoda llevar el PassMe siempre puesto y además quieres ahorrar energia debes instalar el FlashMe (firmware de la consola modificado). Es sencillo, te bajas el FlashMe de su página oficial (google es dios), lo metes en tu flash y lo arrancas desde la DS. Enchufas la DS a la corriente electrica (por si acaso), quitas la tapa de la bateria y verás un plastico rosita/naranja o algo así, lo quitas y en el agujero que deja tendrás que meter un destornillador o un trozo de papel albal para que haga de puente metálico.
En fin, si tienes alguna duda más ya sabes