He conseguido hacerla funcionar. Es una idea sencilla pero buena.
Os explico brevemente: No es mas que una web que tiene un formulario para añadir un archivo.
En un ordenador, al darle a "Examinar" el Sistema Operativo nos abre una ventanita nueva donde podemos elegir cualquier archivo de nuestro ordenador.
En la 3DS, lo que abre su sistema operativo son las fotos que hayáis hecho con la cámara. Seleccionáis una foto y al darle a enviar, esta se manda al servidor (que en este caso esta en vuestro ordenador) y la copia a la carpeta deseada (en este caso, shared).
Con la idea en mente, tal vez seria posible hacerlo en un servidor web normal. Acceder a una web que te permita subir un archivo, y mande ese archivo por correo electrónico o lo almacene temporalmente, para que accedas entonces a la web desde tu ordenador de sobremesa. De esa manera no abría que montar el servidor en el propio ordenador. Si mañana saco un rato lo monto en mi servidor y veo si es factible. Si lo hago, prometo no almacenar las fotos que hayáis hecho y uséis el servicio para pasarla al ordenador xD