El que se va a llevar "el trote" va a ser el que dediques al sistema, porque a no ser que cambies la carpeta de usuario y/o de Mis documentos a la otra unidad, las partidas van a guardarse y cargarse desde ahí, lo mismo a la hora de instalar mods ya que ciertos juegos los instalan en esos directorios.
Igualmente, los archivos temporales de navegadores, archivo de paginación (por defecto), compresores, aplicaciones y, si tiras de Mega sin la aplicación, también... todas esas escrituras se los va a tragar el disco de sistema.
Resumiendo: el que más TBW soporte, para sistema, y el otro para el resto.