Como en todas las preguntas de este tipo depende de tus gustos.
Con 3ds por lo visto tienes acceso a un gran catalogo con los roms y sin una gran inversion pero por otro lado si te van mas las sobremesas pues WiiU es lo tuyo porque además tienes todo el catalogo de Wii a tu disposición.
Si yo fuera tu iria por WiiU de cabeza porque las portátiles no me van mucho pero como dijo depende de tus gustos.