Si no te reconoce los saves seguramente será porque habrás renombrado los backups después de meterlos en la SD con el client.
Eso hace que la EZ4 cree nuevos saves, pero erroneos. Por ejemplo creará para el mario un file ma.rio.
Lo que debes hacer es volver a meter los backups con el client, borrando antes los posibles saves, erroneos o no, de ese juego.
No te preocupes por si después puedes leer los nombres de los saves desde la Gameboy, por que seguramente no podrás si son muchos. De todas formas la EZ4 los reconocerá perfectamente. Como te dije antes debo tener una carpeta de saves con mas de 200 archivos y desde mi GB Micro no puedo leer ni 60.
