He estado probando ambos, en mi caso mupen64 suele ir más lento que el n64oid. Estoy casi seguro que es por el plugin gráfico, de los tres que vienen ninguno me ha acabado de funcionar tan bien como el del n64oid (o tenían errores gráficos o iban más lento, cosa que no pasaba en el n64oid). Por lo demás el mupen64 tiene mejor compatibilidad, el n64oid estaba basado en un core del mupen bastante antiguo así que normal que algunos juegos funcionen peor (el DK64 es la risa, no detecta colisiones con las paredes y puedes atravesar todo). Te recomiendo que instales ambos y pruebes los juegos en los dos emuladores, luego decides cual funciona mejor para cada uno.