A parte del 1chip, los Turbo-R de Panasonic son los MSX más avanzados que se hicieron, y los que que seguro podrán con todos los juegos que se han hecho (creo que originalmente tenían problemas al cargar juegos en cassette, pero hoy en día seguro que encuentras una solucón fácil si te informas un poco). Pero son caros, aunque menos que el 1chip creo.
De todos modos si no te sobra el dinero yo pensaría en un MSX2. Podrás jugar jugar a la inmensa mayoría de juegos, y los principales clásicos del sistema (el MSX2 es compatible con los juegos del MSX1). Hay diversos modelos, con diversas características, con más o menos memoria por ejemplo. Para mi la disquetera es interesante, aunque muchos dicen que actualmente no vale la pena, porque te puedes comprar periféricos que leen targetas SD. Yo empezaría por ejemplo por un MSX2 Philips NMS 8245. Es compacto, no es difícil de encontrar a precios razonables, y tiene disquetera de doble densidad. El VG-8235 también es muy similar, tiene la pega que de serie viene con disquetera de densidad simple, pero si no te importa la disquetera, o está modificado para doble densidad, también te lo recomiendo (yo tengo este que ya compré con doble densidad).
A partir de aquí si te animas puedes informarte de las opciones actuales de ampliación de memoria, lectores SD, etc.
Respecto a los mandos, no iban incluidos en los msx, te los podías comprar como un periférico adicional. Los pads no eran demasiado comunes entonces, lo eran más los joysticks. Seguramente la mayoría de usuarios jugábamos con el teclado simplemente. Creo que la conexión para mando/joystick es la misma en todo el sistema MSX, o sea que no te preocupes de esto al escoger tu modelo.
Seguramente otros foreros tendrán más conocimiento del msx y me podrán corregir por si he dicho alguna burrada.
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(me refiero a buen precio) 
