Si VLC no te lo reproduce, cosa curiosa, es problema del propio video. Como se ha mencionado, MKV no es un formato de vídeo en sí, sinó un contenedor de vídeo, audio, subtítulos... el vídeo está en un formato concreto, un MKV puede tener un vídeo en un formato y otro MKV un video en otro formato completamente distinto al primer archivo.
Por PC>General una vez salio tambien un tema de un usuario que no podia reproducir un MKV con VLC. Salio en el hilo un programa que permitía conocer el formato propio del vídeo (no recuerdo qué programa, aunque supongo que MKVTOOLNIX vale también).
Y puede caber la posibilidad de que ese archivo esté estropeado o corrupto.