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Yo tengo una de 128 GB en una New 3DS XL. Tengo como unos 70 GB ocupados, pero pongo muchos juegos. Una de 64 GB se me queda corta.
A partir de los 32 GB, pongas lo que le pongas, no notarás mucha diferencia en velocidad. La consola no fue hecha para algo mayor que ésta capacidad, por lo que irá lenta sí o sí si tiene algo mayor a 32 GB.
Por cierto, la capacidad máxima de la SD es la que le pongas, tanto para la Old, como para la New como para la 2DS: si le pones una SD/Micro SD de 512 GB, te la lee. Otra cosa es la límite de juegos y programas instalables, que son 3.333 instalables máximos: dudo que lleges a esa cifra.
¡Saludos!