Complementando con la definición del sufijo -ismo:
1. suf. Forma sustantivos que suelen significar doctrinas, sistemas, escuelas o movimientos. Socialismo, platonismo, impresionismo.
2. suf. Indica actitudes. Egoísmo, individualismo, puritanismo.
3. suf. Designa actividades deportivas. Atletismo, alpinismo.
4. suf. Forma numerosos términos científicos. Tropismo, astigmatismo, leísmo.
Es decir, que "ismo" no tiene ninguna connotacion de odio ni parecidos. En cuanto a fobia, es una clase de miedo, obsesiva o irracional, como bien han dicho.
Y aparte, hasta donde recuerdo, el sufijo "fobia" se utiliza solo con raices griegas: apifobia (fobia a las abejas), aracnofobia (fobia a las arañas), acrofobia (fobia a las alturas)... No caigo ahora en algun ejemplo que se utilice una palabra de la lengua española directamente con el sufijo "fobia"