No hay problema, segun tengo yo entendido los sistemas operativos de wii y wii U van en memorias diferentes o al menos son independientes y al actualizar el software de wii u no toca nada del software wii.
Otra cosa es que por ejemplo nintendo sacara una actualizacion de software de la wii, la 4.4, y quisiera implementarla en la wii U, pero vamos despues de 5 o 6 años en la 4.3 lo dudo mucho.