en realidad no tiene que dar problemas, pero linux no tiene soporte nativo de ntfs, es decir, que no está pensado para que lo trabaje.
si modificas archivos, es posible, sólo posible que se dañe el fichero.
por lo tanto, lo que hay que perseguir es una particion que tambien la lea windows como la fat32, pero esta última creo recordar que no podía tener ficheros de mas de 4 GB o algo así.
una putada, ya ves.
como yo lo entiendo, procuraría que si utilizamos algun metodo de descarga ya sea p2p o DD lo suyo es hacerlo en una particion de linux, y una vez terminada la descarga pasarlo a la particion ntfs para que win lo lea. de esta manera los accesos a los discos son menos fluctuantes, es mas directo todo, y está menos tiempo escribiendo en disco (si lo comparamos con un p2p cualquiera, que continuamente lee y escribe cachitos pequeños)
es mi forma de verlo. no voy muy desencaminado, no?