El clonar es para cuando requieres transferir tambien los archivos y particiones de arranque del administrador de arranque del sistema o sistemas operativos; cuando el disco a clonar es el disco principal donde esta instalado el sistema operativo, o para cuando el disco tiene varias particiones y quieres tener esas mismas particiones en el nuevo disco, o para cuando quieres poder hacer una copia de un disco a varios discos a la vez [por red, o en discos externos]
Para tu caso podria servir solamente la copia de un disco a otro [o usar el mover} del explorador de archivos de windows, aunque debes poder tambien copiar/mover archivos/carpetas ocultos. Aunque igual podrias usar la opcion de clonacion para estar seguro que esos archivos/carpetas ocultos se copien al nuevo disco.
Luego, con el administrador de discos de windows o de algun tercero, deberas hacer que el nuevo disco tenga la misma unidad logica [e:, f:, g: o la que tenga asignada ese disco secundario] para que windows encuentre y lance los archivos requeridos para el arranque del programa q1ue mandes llamar y que este instalado en el disco que llamas secundario.
Otra opcion es usar algun software de transferencia de archivos y programas, el cual hara las copias de archivos y carpetas necesarios, asi como el cambiar en el registro de windows y otros archivos de configuracion estableciendo la letra de unidad logica nueva que tebnga el nuevo disco
hilo_easeus-todo-pctrans-migra-tus-programas-cuentas-y-archivos-a-otra-pc_2433074 
