Simplemente el pendrive escribe mas lento que la cache, empieza a ralentizarse, se le va acumulando trabajo y termina estabilizandose rato despues a lo poco que escriba o lo va haciendo a trozos con paradas.(llena cache, vacia cache y así ciclicamente) Yo he visto Pendrive usb 3.0 con velocidades de escritura patéticas de 10~15mb/sg siendo el usb 3.0 en estos un adorno y ni siquiera saca partido a USB 2.0 (que anda en los 30 y pico mb/sg el limite del 2.0).
Si quieres buena velocidad te tienes que gastar las pelas y mejor si vas a modelos en concreto que la gente haya probado y sepas que velocidad real dan. El conector es cero garantías de velocidad.