Sin saber el tamaño total de los archivos que estás copiando (son 40 minutos para un archivo avi de 600MB o varios archivos?) ni la velocidad de lectura y escritura del disco, en principio sí puede ser perfectamente normal que tarde esos 40 minutos.
El acceso a discos USB puede ser algo lento, y si lees y escribes en el mismo disco USB más todavía.
Puedes hacer un test sencillo de velocidad de escritura en el disco USB con este comando:
dd bs=1M count=512 if=/dev/zero of=test conv=fdatasync
Vas con "cd" a alguna carpeta de tu disco USB y lo ejecutas. Te creará un archivo llamado "test" de 512MB y te dirá el tiempo que ha tardado y la velocidad de escritura en el disco. Algo como esto:
512+0 registros leídos
512+0 registros escritos
536870912 bytes (537 MB) copiados, 6,40948 s, 83,8 MB/s
Para ver la velocidad de lectura:
sudo hdparm -t --direct /dev/sda
Donde /dev/sda será el nombre de tu dispositivo USB.
Con el resultado de ambas pruebas te puedes hacer una idea de si el tiempo que estás tardando en copiar es normal o no, teniendo en cuenta que al copiar entre carpetas de un mismo disco las lecturas y escrituras no se podrán estar haciendo en paralelo.
Si las matemáticas no me fallan
el tiempo total que tardarías en copiar un archivo de 600MB sería aproximadamente:
total = 600/(resultado en MB/s del test de lectura) + 600/(resultado en MB/s del test de escritura)
Aproximado porque eso sería en condiciones ideales de lecturas y escrituras completamente secuenciales, habría que añadir el tiempo de posicionamiento de los cabezales del disco, que de nuevo al estar leyendo y escribiendo al mismo disco también se incrementa.