Puedes ingresar todo el dinero que quieras, el banco no te pondra pegas. La cosa es poder justificar el origen de los ingresos ante hacienda si esta te investiga.
El banco informa a hacienda cuando se dan ciertos casos, cuando se usan billetes de 500€, los ingresos de mas de 3000€, las trasf. que superen los 10.000€, etc. Si los has sacado y los vuelves a poner no creo que sea algo muy llamativo para que alguien lo mire, pero vamos nunca se sabe..