Efectivamente, tarda muy poco tiempo, yo creoque no llega ni a un minuto de tiempo.
Las actualizaciones del M3 es conveniente hacerlas desde el modo GBA, pues desde el modo NDS a veces pasan estas cosas.
No obstante no te preocupes porque el M3 lleva un sistema de protección y arrancando en modo GBA es posible volver a actualizar el firmware.
Para arrancar en modo GBA, si tienes flashme tienes que encender la consola con el select pulsado, y si no tienes flashme basta con retirar el passcard/superpass/o dispositivo similar que uses antes de encender la consola.