En general, a las baterías de litio (ya sean de un MP3, de un GPS o de una consola portatil) les convienen más las cargas "poco profundas" (es decir, ponerla a cargar cuando podamos, aunque la batería esté al 80%). No es conveniente dejarlas descargar hasta el límite porque si una batería bajara de cierto umbral de tensión correría el riesgo de quedar inservible (ese umbral está bastante por debajo del momento en el que la consola se apaga sola).
Como digo no pasa nada por dejarla funcionando hasta que se apague, pero es mejor cargarla más a menudo.
Un saludo!