Menuda sarta de tonterías dices. Mercury es por la reserva de 130MB de RAM que Atmosphere hace en el modo applet. En el modo applet el límite de RAM es de 130MB y tinfoil necesita al menos 230MB, si le añades colas de instalación necesita más RAM aún. La otra función de Mercury es actualizar tinfoil y otro Homebrew.
So bien se puede editar el iniu de Atmosphere incluye Mercury en el pack por los típicos usuarios que no saben lo que hacen, lo van a lanzar desde hbmenu y se les cierra. De estos hay muchos.
La carpeta titleid de la que hablas que es opcional sirve para reemplazar la eshop de Nintendo por tinfoil, no Creo que necesites la eshop en CFW precisamente pero es opcional. Otro reemplazo conocido es cambiarla por el navegador web.
Lo que dices de fusee no tiene lógica alguna salvo que hayas usado tinfoil para instalar el FW usando la versión que tenía el Bug en que no instalaba los drivers de exfat, con lo que obviamente si tu tarjeta está en exfat no puede iniciar un CFW hasta que la formatees.
También cambia las hotkeys ya que Mercury usa hbmenu, tinfoil, nxmtp y galería de imágenes, es decir 4 accesos directos al lanzar la galería según la combinación de botones.