Pues si, es cierto que a mi tambien me paso este problema y me pase un dia desinstalando y reinstalando el hombrew channel sin ningun exito, tambien es cierto que solo me pasaba con un wiimote y con los otros ningun problema. Cabe se#alar que tambien tenia problemas al jugar, ya que no respondia el control en momentos donde se debia agitar el control. De este modo decidi que era un problema de hardware.
Al final opte por desmontar el wiimote para revisar si habia una pieza rota o desconectada, pero no encontre nada obvio, y al revisar una pieza redonda que se encuentra por debajo del cursor pad que esta conectada por un cable rojo y uno azul, (supongo es el sensor de movimiento) note que estaba un poco inflado, asi que lo presione con algo de fuerza y volvi a ensamblar el wiimote.
Cuando encendi mi consola y entre al hombrew channel el cursor estaba correcto y al jugar ya respondia correctamente al agitar el mando.
Bueno esta es mi solucion, espero que sea de ayuda, a mi me funciono y por suerte, ya que no queria comprar un wiimote nuevo asi que me arriesgue a abrirlo.