Según he entendido yo:
Waninkoko saca otra revisión de su cIOS que no permite la carga de backups sin modchip, pero luego en otro post de GBATemp, explica que hay que cambiar en el código de ese cIOS para que al compilarlo si que acepte backups (y según el podría mejorar algo la compatibilidad).
Por otra parte, el creador de Wiigator lanza una beta de su programa (no hay versión pública todavía) que hace el parcheo del módulo DIP "al vuelo" y por lo tanto no es necesario que los backups pasen por el "backup-creator" de Waninkoko para funcionar en Wii. Además, se ha aumentado el rendimiento y la compatibilidad, algunos juegos ya cargan perfectamente (como Mario Kart) y en otros los vídeos van a velocidad normal.
Es más o menos lo que he entendido después de buscar un ratito por GBATemp.