Pues después de mirar el código de Waninkoko... he de decir que por hacerlo muy muy mal, está (probablemente sin darse cuenta) haciendolo de forma completamente ilegal. El mismo instalador es ilegal, incluso sin el IOS.
Lo que ha hecho es generar un parche PPF entre el IOS original y el modificado... en formato WAD. Este formato está encriptado, por lo que a partir de la parte del cambio, el resto de los datos cambian. Todos estos cambios están reflejados en el PPF, con el resultado de que incluye varios megas de código de Nintendo (encriptado).
Una de dos, o se le ha pasado por alto este detalle (que debería ser evidente, ya que conoce el formato wad, y sobre todo después de ver el tamaño del parche - 2MB), o no le importa. En cualquier caso, he de decir que este instalador, en su formato actual, incluye una porción muy sustancial del código de IOS de Nintendo, y por lo tanto no debería ser distribuido por aquí.
No quiero empezar un flamewar, pero Waninkoko... si no te has dado cuenta de esta cagada tan evidente (no hay mas que ver el tamaño del PPF), no deberías estar escribiendo este tipo de programas... y si te has dado cuenta y simplemente no te importa hacerlo de forma ilegal, no comment.