A ver, que veo que no ha quedado claro.
Este IOS se instala como IOS249. Por lo tanto es totalmente independiente de cualquier otro IOS de los que hay instalados en la Wii (y no modifica ningun IOS oficial).
Eso quiere decir que cargar discos trucheados bajo la 3.3E no es posible (el menu del sistema utiliza IOS30, que poco tiene que ver con el IOS249). Otra cosa es si coges el GeckoOS y lo modificas para que se ejecuta bajo IOS249. Entonces el GeckoOS podra leer el disco, abrir las particiones y hace todo lo que sea.
PD: Ya se que el GeckoOS carga actualmente discos trucheados bajo la 3.3E porque se ejecuta bajo un IOS que no tiene corregido el bug trucha.