la carpeta system va en la raiz de la tarjeta. Los juegos de la DS en la carpeta NDS, y los de GBA en la carpeta GBA. Por ejemplo, si la tarjeta de memoria de tu M3 es la unidad J, iría así:
J:\System\Archivos del firmware J:\NDS\Juegos de DS J\GBA\Juegos de GBA
para los juegos de GBA, necesitas el cartucho de expansión de GBA, sino no te funcionaran.