Debes utilizar (al menos yo lo hago así) el virtualdub con el plugin "subtitler".
El procedimiento a groso modo sería el siguiente.
Abres el video con el programa, luego te vas a "Video/Filters", pinchas en Add y eliges de la lista "subtitler". Haciendo esto se te abre una ventana en la que te pide que le des la ruta del archivo de subtítulos que quieres incrustar.
Luego te vas a "video/compression" y eliges el codec en el que quieres que te comprima el video (divx, xvid, etc..) y el bittrate; y en video eliges la opción "Full Processing Mode" para que te recomprima el video con los subs incrustados.
A continuación, para que el audio lo deje como está, te vas a Audio, y pinchas la opción "Direct Stram Copy", para que copie la pista de audio directamente sin recomprimirla.
Y nada, ya estaría todo hecho, te vas a "File", "save as avi", le pones nombre al nuevo archivo, y a esperar a que se comprima ^^
Espero que te sea de ayuda.
Un saludo.