Pues por partes...
No, no es necesario quitar el antiguo para meter el nuevo, pero, seria tener cosas instaladas a las que no les vas a dar uso...
El que te recomiendo es el ultimate v7 o el mag loader 1.4.1 que son los que he probado y van de lujo, sin olvidar al base de todos ellos: el usb/sd loader 1.5 de waninkoko. Hay por ahi rulando un forwarder que te carga como un canal lo que tengas en la tarjeta en la carpeta apps/usbloader/boot.dol, que es lo que tengo yo y le voy modificando el loader que tenga mas actual en ese momento.
Como meter los backups? Pues normalmente al darle al + en el mando, con el juego dentro de la wii, te dice si quieres instalarlo. Consejo: Te recomiendo que uses el juego original para meterlo en el disco duro, ya que si lo tienes en backup, el original lo has usado nada y menos, por lo que tendra menos uso y ademas que se instalan bastante mas rapidos que las copias de seguridad.
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Saludos!!