Pues mira, este foro no va de este tema precisamente, pero te responderé con lo que mi mente dé de sí.
En teoría un VCD es un archivo MPEG1 con ciertas características (Video CBR 1150, Audio PCM 224 Hz, Resolución 352x288, Refresco 24 fotogramas), y un DVD es un MPEG2 con otras características (Resolución 725x576, Audio AC3, etc.). Lo que haría yo sería lo siguiente:
1. Separo audio y video del VCD original (demultiplexar).
2. Convierto el audio de (seguramente) .mp2 ó .wav a .ac3.
3. Convierto el video de (seguramente) .mpv a .m2v.
4. Una vez tengo audio y video convertidos al formato deseado los uno, formando un sólo archivo (multiplexar).
Estos pasos son los que yo seguiría, claro está que habrá muchas formas de hacerlo. Posiblemente haya alguna utilidad que te haga la conversión directa de audio y video. Echa un ojo en webs de esa temática, hay muchos tutoriales y las cosas están muy bien explicadas.
Si te interesa investigar, te recomiendo utilidades como TMPGEnc, o SpanishDUB, que sirven para hacer conversiones de archivos.