Que la experiencia sea diferente a la del formato original no quiere decir ni que sea mala, ni que te pierdas algo objetivamente importante. Simplemente, puede ser lo suficiente diferente como para que alguien acostumbrado a lo original rechace los formatos, mandos o monitores actuales; aunque también puede haber mucho argumento teórico y/o muy subjetivo en este sentido, sin que tenga sentido establecerlo como una verdad indiscutible.
En mi caso, si es por coleccionar, prefiero los originales, pero no tengo argumentos para defender que son mejores; tan sólo son los que he mamao de chico, y tienen más gancho para mí. Ahora, que a un recopilatorio no le hago ascos, ni mucho menos.
Por otra parte, en los recopilatorios físicos te van a tocar casi seguro algunos juegos que no te gustan. Para recopilaciones oficiales custom están cosas como la VC, en formato digital.