Veamos.
Lo que yo entiendo es que tú solamente miras el ingreso que te hacen en el banco (o lo que te pagan en mano) a final de mes.
Dices que en mayo (el mes de la baja, quince días), has cobrado tu sueldo normal más 30 ó 40 euros de indemnización. Esto no es así, por norma.
Al ser un accidente laboral tú lo que cobras durante la baja es el 75% de tu base de contingencias profesionales del mes anterior (en tu caso, la base de contingencias profesionales de la nómina de abril). En esta base va incluida la prorrata de pagas extras, por lo que mientras dure la baja estás cobrando por ese concepto, es decir, los días de baja no cuentan para el cálculo de las pagas extras.
Entonces, en tu nómina de mayo deberían venir reflejados los siguientes conceptos: por un lado, quince días de salario base y pluses por los días de trabajo efectivo, al igual que en el resto de nóminas. Por otro lado, una indemnización por baja a causa de accidente laboral por esos quince días (ese 75% que te he comentado antes). Además, por lo que dices, habrás cobrado también el 25% de esa base durante los quince días por mejora de IT, ya que seguramente venga contemplado así en tu convenio colectivo (esta mejora no es obligatoria a no ser que venga expresamente reflejada en convenio). Por eso has cobrado un poco más en la nómina de mayo a pesar de haber estado de baja la mitad del mes.
Ahora bien, a la hora de calcular tu paga extra, si el convenio no obliga a que tengas que cobrar el 100% de tu salario bruto en caso de baja (cosa que no contempla casi ningún convenio), entonces te tendrán que restar esos quince días de baja, por lo que seguramente de ahí salen esos cien euros que dices que te faltan.
De todas formas, todo esto son elucubraciones mías, ya que sin ver los conceptos que figuran en tus nóminas, no se puede saber a ciencia cierta.
