Yo uso el Diskeeper y me parece bastante bueno, es más rapido que el de Win, y tiene una opción para defragmentar antes de que arranque el OS con lo cual defragmentas más cantidad de datos.
Yo utilizo el norton utilidades que tiene sensores que te dicen lo mal que esta el disco y lo puedes programar para que cuando llegue a un tanto por ciento determinado haga el desfracmentar.