Recuerda que si usas copias de seguridad de juegos CD con protección, debes parchearlos ( se puso un link en un hilo de por aquí hace un tiempo ).... no recuerdo si sólo era necesario para esos títulos si tenías la CDZ, o para CDZ y CD.
También en las CD/CDZ en ciertos juegos según tengo entendido se han sacrificado frames de animacions, tamaño de sprites, etc., respecto a sus hermanos de AES... por contra ganas banda sonora con calidad CD, y otras cosillas, amen de un precio inferior en general.
De todas formas, en mi opinión personal, si uno se pilla una Neo-Geo hoy en día es un poquillo por coleccionismo, un poquillo por el "feeling", y en este caso te recomendaría te compres una Neo-Geo baratilla con unos cuantos juegos buenos de los baratos, y a tirar millas.