FALSO, AMD RADEON [ati ya no existe] permite enviar audio HD por HDM [PCM 7.1, DD-TruHD, DTS-HDMA]I, el problema que tienes es de configuracion en windows y ebn el Kodi que no esta haciendo pass-through. Desde la primera version radeon HD4000, hasta la ultima version radeon RX 400, y pasando por el video integrado en los AMD APU admiten estos formatos de auduio sin compresion.
Tambien es falso que los formatos HD solo se cuenten por el numero de canales, un formato HD se cuenta por un mayor ancho de banda [tener un mayor bitrate], ser de alta fidelidad o lo mas oparecido [por algo son formatos sin compresion con perdida de datos] y ahora incluso que puedan manejar metadatos para los 'objetos de audio' [mas empleado en Dolby ATMOS o en DTS:X].
El contenedor MKV soporta los formatos de audio de alta calidad [el de maxima fidelidad seria PCM/LPCM], asi que es problema o del reproductor o del receptor, como sea, usa el programa mediainfo para que ves que formato de audio esta en ese archvio MKV. El contenedor MP4 hace poco tenia problemas con lso formatos de audio de alta calidad, pero las ultimas versiones del multiplexor han corregido el problema.