Yo creo que es más fácil que todo eso: La emulación oficial de Nintendo apesta.
Pilotwings 64 es un juego que históricamente ha sido difícil de emular por la scene, lo de las sombras se corrigió hace cuatro días. El emulador de la CV de Nintendo 64 para Wii/WiiU es una castaña totalmente enfocada al HLE con muy poca compatibilidad, basta swapear el resto del catálogo para verlo..
La mayoría de juegos de la CV corren sobre los mismos motores y están programados con las mismas herramientas, los códigos Fast3D de Silicon Graphics.
Y en cuanto al Super FX pues más de lo mismo, tendrían que emular el Super FX solo por un juego, porque si Stunt Race FX difícilmente tiene popularidad hoy en día con el resto del catálogo apaga y vámonos.
En cuanto a Sonic 3, si lo dices por las ediciones 3D, diría que simplemente dejaron de hacerlas, igual no les salían rentables, y pararon en el 2 como podrían haber parado en el 1.