Compiz es un gestor de ventanas, tenerlo activado en un escritorio y en otro no implicaría tener 2 gestores de ventanas a la vez, lo cual no sé si se podrá pero no recuerdo haberlo visto nunca. Quizá con Xephyr o xnest puedas simular algo así, pero no sé cuán funcional será.
Si te sirve, sería más sencillo hacer un script que desactive compiz, lance xbmc y reactive compiz al terminar.
