mi placa también es MSI pero plataforma intel Z370 (un poco antigua) y la integrada esta desactivada por defecto y no he tenido ningún problema , no lo he probado pero supongo que cuando no detecte una GPU dedicada se debería activar de forma automática la opción IGD en bios.
sacado del manual , también lo he visto entrando en la bios
Initiate Graphic Adapter [PEG] -----> activada la dedicada por defecto
Selects a graphics device as the primary boot device.
[IGD] Integrated Graphics Display.
[PEG] PCI-Express Graphics Device.
he mirado el manual de la B450 TOMAHAWK MAX y aparece desactivada la integrada por defecto también , es este modelo en concreto?
sobre el problema que comentas al desactivar la integrada , es muy raro , nunca he oído nada similar , simplemente es conectar la grafica dedicada y disfrutar del pc (con la opción de la integrada desactivada por defecto en estos modelos de placa base)