Bueno, claro que es posible y de hecho hay cosas similares.
Hay que reconocer que algo así, es un autentico proyecto de ingenieria. Mas complejo aun que un Everdrive o un Drive64.
hay que conocer, como bien decís, al dedillo el hardware de la maquina. Algo que estará al alcance de muy pocos debido lo dificil que resultaria conseguir documentacion oficial de rigor. Por mi parte yo si poseo la de Saturn y solo puedo decir que es para hacer carrera jajaja
Para hacer lo que dices, necesitarias el interface logico del IDE/SATA a la placa base y luego el FW que se encargaría de "entender" el disco duro (acceso a estructura FAT, localizacion de ficheros, emulacion de CD virtual a partir de una imagen ISO, conversion de protocolos, etc..)
Una FPGA no bastaría, a no ser que lleve core integrado y para eso lo mas barato seria usar un mC + CPLD/FPGA.
Una alternativa al FW seria modificar o programasr una nueva BIOS para la consola, de modo que se le pudira "delegar" trabajo a la consola
Todo ello son conjeturas porque habría que estudiar cada hardware como un caso particular. Y cuanto mas potente, mas posibilidades.