Cuando parcheas el juego, hay por ahí una opción que elijes donde quieres guardar las partidas (save) y hay que poner que sea en la tarjeta SD, en lugar de en el cartucho de DS, seguramente el fallo sea ese, no te puedo decir justo donde está la opción porque no tengo el programa en este pc y no lo puedo instalar, pero será eso, no te preocupes, búscalo y cámbialo, si no lo consigues encontrar ya te diremos donde está exactamente la opción.
Un saludo