Sería raro si se graba desde fuera, con un programa externo; pero si lo grabas con una función del propio emulador no es nada extraño; se trata de un error de sincronización al grabar el juego por partes, porque deduzco que el emulador identifica cada parte de la emulación y las graba por separado, antes de renderizar el vídeo.
Un programa externo grabaría simplemente lo que se ve en pantalla, y de una pieza; si acaso, podría estar desincronizado el sonido en caso de fallo, pero no los gráficos del juego.