Todo sistema de archivos se fragmenta con el borrado o creación de ficheros con la repetición de estas tareas. Depende del sistema de archivos se fragmenta mas o menos en el tiempo.
La única solución, a falta de una utilidad en ps3 para desfragmentar/chequear el porcentaje de fragmentación, es conectar el disco duro al pc, usar un programa para realizar un low level format y después volverlo a conectar a la ps3 y vuelta a empezar.
Aclaro que se pierden todos los datos si se hace eso, no sea que alguno después llore por perder todas sus partiditas...
Saludos