@die4554,
@cash, todos los OS de Apple tienen la herramienta Utilidad de Discos, que aparte de servir para hacer particiones, grabar, descomprimir/comprimir y crear discos de arranque, tiene una a mayores que hace las funciones de mantenimiento cuando algo no va bien, y es la reparación de permisos. Con pasar eso una vez cada dos semanas es suficiente, o cuando notéis que algo no va bien, o al desinstalar/instalar software. Cuando usaba Mac, haciendo eso y lo otro que digo arriba una vez al mes, o antes y después de cada actualización, nunca he tenido problemas de rendimiento. Y da igual si el disco es mecánico o sólido, es una herramienta del OS X. En El capitán está en primera ayuda, pulsáis ahí seleccionando el HD del sistema y ya lo hace el solo.
Lo de arriba es muy sencillo;
Reiniciais el sistema, y cuando suene el sonido que hace antes de saltar a OS X, pulsais las teclas CMD+S y no soltéis hasta que salga Darwin (pantalla negra con unos códigos), escribís lo que digo arriba tal cual está, y cuando termine de hacer la reparación, escribís Reboot y le dais a enter, y ya estará hecha la reparación de estructura de ficheros.