Pues no lo sé, la lógica en principio me diría que no creo que FATX esté optimizado para manejar bien la fragmentación, ya que oficialmente no está pensado para mover o almacenar gran volumen de datos. Oficialmente digo, pq los que lo usamos para JTAG nos tiramos volumenes de datos mucho mayores, trasteamos mas borrando y copiando, aplicaciones, emuladores.... etc.
Yo creo que a la larga y según el uso que le de a la consola, un volcado cuando el disco está muy lleno a la larga va a gastar menos los cabezales que si se tira años con todo fragmentadísimo, y cada vez más.
Pero vamos, es una hipótesis solo, no estoy seguro para nada, me muevo por intuición no más.
Volviendo al caso, entonces conectando el HDD interno por SATA al pc, con el Horizon puedo volcarlo todo al pc, formatear el HDD y volverlo a pasar, no?