Si el HDD se puede leer en PC, aunque sea desde Linux (que normalmente reconocen más tipos de sistema de archivos) lo suyo sería desfragmentarlo desde ahí.
Ahora bien, caso de que el HDD sea en realidad un SSD, ni se te ocurra hacerlo ya que el modo de almacenar los datos en un SSD hacen innecesario que se requiera de desfragmentaciones.
