No hay forma de devolver la Wii a un estado en el que sea indetectable que has instalado el canal (o cualquier cosa). Siempre queda mierdecilla.
En cuanto a la garantía, se dice que puede anularla pero yo todavía no he oído de que Nintendo se haya negado a reparar una consola con HBC - es mas, hasta hay gente a la que le han pasado el HBC a una consola nueva como si fuera un canal cualquiera.
Instalar HBC no modifica nada de tu sistema así que si lo borras (o si no) no cambiará el funcionamiento de la consola, pero siempre hay formas de saber que en algún momento lo has tenido instalado.