Yo siempre he usado el xorg.conf pero de todos modos, Sabayon hace una cosa muy extraña con el xorg. Te genera siempre uno, aunque lo borres en el reinicio te genera uno. Entonces a mi al principio me dio problemas porque lo instalé desde el CD Core para más o menos moldearla a mi gusto, y ese CD no traía drivers nvidia. Así que estuve usando los libres hasta que terminé la instalación, y al reiniciar el xorg petaba. Pero simplemente con borrar el antiguo xorg.conf y reiniciar se solucionó. Con el sistema que comentas creo que esto no se puede hacer...