Puedes formatearlo con el Partion Magic,el unico problema que te daria(creo yo vamos)es que si seleccionas para que cargue el Unbutu daria error al arrancar por que lo has borrado,pero mientras no se borre el gestor de arranque(que esta en el MBR del primer disco duro,es decir del Windows)no deberia pasar nada.
Un saludo.